У 1941 годзе ўніверсітэту спаўнялася 20 гадоў. Каб адзначыць гэтую ўрачыстую падзею, была прызначаная дата святкавання – 29 чэрвеня. Разам з перадсвяточнай ішла падрыхтоўка і да дзяржаўных выпускных іспытаў, якія планаваліся на 24–28 чэрвеня. А 22 чэрвеня павінна было адбыцца адкрыццё Камсамольскага возера. Але замест гэтага мінчане і госці горада, студэнты і выкладчыкі БДУ слухалі ўрадавае паведамленне пра пачатак Вялікай Айчыннай вайны.

Вышэйшая партыйная школа. Фота 1943 года
За перыяд нямецкай акупацыі Мінск быў разбураны амаль на 80%. У архіве музея гісторыі БДУ захаваліся фатаграфіі, на якіх бачна, які адбітак пакінулі на ўніверсітэце цяжкія ваенныя гады.
Універсітэту таксама было перададзена памяшканне Камерцыйнага вучылішча (пабудавана яшчэ ў пачатку ХХ стагоддзя), якое знаходзілася на тэрыторыі сучаснай плошчы Незалежнасці. Некаторы час тут функцыянавала педагагічнае аддзяленне БДУ, пазней будынак быў перададзены Інстытуту народнай гаспадаркі. Па звестках даследчыка М. І. Красоўскага, калі ў Мінску праводзіліся зямельныя працы па пашырэнні плошчы імя Леніна (зараз плошча Незалежнасці), пад руінамі былога будынка інстытута знайшлі склеп, у якім у гады вайны размяшчалася служба бяспекі рэйхсфюрара СС. Тут былі знойдзены шматлікія дакументы часоў фашысцкай акупацыі.

Руіны будынка педагагічнага факультэта, былое Камерцыйнае
вучылішча. Фота 1944 – 1946 гадоў
Універсітэту таксама было перададзена памяшканне Камерцыйнага вучылішча (пабудавана яшчэ ў пачатку ХХ стагоддзя), якое знаходзілася на тэрыторыі сучаснай плошчы Незалежнасці. Некаторы час тут функцыянавала педагагічнае аддзяленне БДУ, пазней будынак быў перададзены Інстытуту народнай гаспадаркі. Па звестках даследчыка М. І. Красоўскага, калі ў Мінску праводзіліся зямельныя працы па пашырэнні плошчы імя Леніна (зараз плошча Незалежнасці), пад руінамі былога будынка інстытута знайшлі склеп, у якім у гады вайны размяшчалася служба бяспекі рэйхсфюрара СС. Тут былі знойдзены шматлікія дакументы часоў фашысцкай акупацыі.

Чырвонаармейская, 6
Гэта былая мужчынская гімназія К. А. Фальковіча, якая размяшчалася на вуліцы Кашарскай, сучаснай Чырвонаармейскай. Менавіта яна стала будынкам БДУ №1. У ім размясцілася праўленне ўніверсітэта і некаторы час жыў першы рэктар БДУ Уладзімір Пічэта. У час вайны будынак быў амаль цалкам разбураны. Цяпер ён рэканструяваны, там размяшчаецца гістарычны факультэт БДУ.

Нямецкія салдаты на фоне руін першага галоўнага корпуса БДУ
У верасні 1921 г. Мінскі інстытут народнай адукацыі быў пераўтвораны ў педагагічны факультэт БДУ. Гэты будынак стаў першым галоўным корпусам універсітэта. Праз 10 гадоў педагагічны факультэт БДУ быў рэарганізаваны ў самастойны Беларускі дзяржаўны вышэйшы педагагічны інстытут, зараз гэта БДПУ імя М. Танка.
Будынак быў пабудаваны ў 1937 годзе для размяшчэння Вышэйшай камуністычнай сельскагаспадарчай школы імя У. І. Леніна і Камуністычнага інстытута журналістыкі імя С. М. Кірава. Але падчас вайны будынак быў разбураны. У 1947 годзе яго аднавілі паводле праекта аўтара, дадаўшы элементы сталінскага класіцызму. 2 жніўня 1946 г. была прынята спецыяльная пастанова ЦК КПСС «Аб падрыхтоўцы і перападрыхтоўцы кіруючых партыйных і савецкіх работнікаў», згодна з якой Партыйная школа пры ЦК КП(б)Б у Мінску была пераўтворана ў Рэспубліканскую партыйную школу. Зараз гэта корпус філалагічнага факультэта.
У жніўні 1944 года, пасля вызвалення Беларусі, «сходненскі» перыяд дзейнасці ўніверсітэта скончыўся. Універсітэт быў у руінах. З навучальных карпусоў у працоўным стане застаўся толькі фізіка-матэматычны (сучасны рэктарат). Хуткімі тэмпамі пачаліся аднаўленчыя працы. Ужо ў канцы ліпеня 1944 года ў Мінск выехала група студэнтаў і выкладчыкаў (75 чалавек) для ўзнаўлення і падрыхтоўкі будынкаў да заняткаў.

Універсітэцкі гарадок пасля вайны. Фота 1945 года
11 жніўня 1944 г. другая група студэнтаў з 26 чалавек пад кіраўніцтвам прарэктара па гаспадарчай частцы В. У. Зубца (ён жа адначасова быў і студэнтам гістфака) адбыла ў Мінск. Неабходна было падрыхтаваць базу для пераезду астатніх выкладчыкаў і студэнтаў. Групу размясцілі ў фізіка-матэматычным корпусе, дзе зараз знаходзіцца рэктарат універсітэта, а падчас вайны там была тэлефонная станцыя. «У той час, – успамінае студэнтка біяфака В. К. Гаравец, – ён быў адзіным захаваным з карпусоў. Біялагічны і хімічны корпус былі спалены, у іх падчас вайны знаходзіўся нямецкі шпіталь».
Яшчэ ў 40-х гадах былі адноўлены біяфак і хімфак, пабудаваны студэнцкія інтэрнаты па вуліцы Бабруйская, 7 і 9. Для будаўніцтва ствараліся студэнцкія працоўныя атрады, якія актыўна ўдзельнічалі ў аднаўленні БДУ.
У справаздачы пра дзейнасць універсітэта за 1944/1945 навучальны год адзначаецца, што ён быў самым цяжкім у гісторыі БДУ.

Будынак духоўнай кансісторыі
Будынак пабудаваны ў сярэдзіне XIX стагоддзя (паводле некаторых звестак, у 1864 годзе) у складзе комплексу архірэйскага падворка для размяшчэння кансісторыі, а таксама жылля мінскага епархіяльнага архітэктара. Кансісторыя дзейнічала да 1924 года. У савецкі перыяд у будынку размяшчаўся музей гісторыі войскаў Беларускай ваеннай акругі.
Будынак быў перададзены БДУ, і ў 2004 годзе там пачаў дзейнасць Інстытут тэалогіі імя святых Мяфодзія і Кірыла.
У чэрвені 1942 года кіраўніцтва вышэйшага партыйнага органа рэспублікі абмеркавала пытанне аднаўлення дзейнасці Беларускага дзяржаўнага ўніверсітэта ў складзе трох факультэтаў – філалагічнага, гістарычнага і геаграфічнага.

Раён вуліцы Чырвонаармейскай пасля налёту нямецкай авіяцыі
15 мая 1943 года была прынятая пастанова аб аднаўленні працы БДУ ў эвакуацыі. Універсітэт размясцілі на чыгуначнай станцыі «Сходня» – раней гэта было Падмаскоўе, зараз рыса горада. Менавіта сюды згодна з пастановай з’язджаліся студэнты і выкладчыкі для працягу вучобы.
Афіцыйна заняткі ва ўніверсітэце пачаліся 11 кастрычніка 1943 г. На адноўленых шасці факультэтах – філалагічным, гістарычным, біялагічным, геаграфічным, хімічным, фізіка-матэматычным – пачалі вучыцца каля 300 студэнтаў. На 1 снежня 1943 года ў БДУ працавала 90 выкладчыкаў.
Матэрыял падрыхтавалі музей гісторыі БДУ і Ганна КАЗАКОВА